故事描述，美里以及她的反 NERV組織 Wille 來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有 720 秒能修復這個城市。但是 NERV 的福音戰士群出現時，真理的 EVA 改八號機進行攔截。與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。